牙齿根部已经发生全部龋齿的原因是口腔部位的清洁工作长期不注意清洁造成的，当患者平时没有养成良好清洁口腔的习惯时，会造成食物残渣在口腔部位堆积，引起牙根出现蛀牙的情况。