牙齿黑色素沉淀以及龋齿可以通过探针检查的方式来进行具体区别，当使用探针进行检查时，如果是龋齿的情况会发现黑色的位置比较粗糙，而且密度相对于周围健康的牙体是比较低的，如果是单纯的黑色素沉淀，沉淀的位置与周围的牙体一般不会出现明显区别。